스토리 스폰지밥과 뚱이가 비누방울을 불고 있던 중, 갑자기 나타난 이상한 포털이 뚱이를 빨아들입니다. 곧이어 또 다른 포털이 열리고, 낯선 목소리가 뚱이를 구하려면 안으로 들어오라고 재촉하자 스폰지밥은 망설임 없이 뛰어듭니다. 여러 세계를 거친 끝에 스폰지밥은 마침내 뚱이를 찾아내지만, 분노에 휩싸인 뚱이는 스폰지밥을 공격하기 시작합니다. 스폰지밥은 뚱이를 제압해 원래대로 되돌려놓고, 두 사람은 ‘타임리스 스타다이얼(Timeless Stardial)’이라 불리는 주머니 차원으로 이동해 스폰지밥을 소환한 존재인 클락워크를 만납니다. 클락워크는 블라드 플라즈미우스가 타인을 정신 지배하는 힘을 얻었으며, 이제 모든 우주의 존재들을 지배하려 한다는 사실을 알려줍니다. 클락워크는 전투 중 쓰러졌을 때 시간을 되돌릴 수 있는 ‘시간의 메달’을 영웅들에게 건네주며, 블라드의 지배로부터 더 많은 동료를 구출하기 위해 그들을 보냅니다.