스토리 파이널 판타지 V는 전 세계의 바람의 흐름이 잦아들고 멈추기 시작한 어느 날부터 시작됩니다. 이 이변을 깊이 우려한 타이쿤의 왕은 딸 레나 공주의 걱정을 뒤로하고, 비룡의 등에 올라타 바람의 신전으로 떠날 채비를 합니다. 신전에 도착한 왕은 눈앞에서 바람의 크리스탈이 산산조각 나는 광경을 목격합니다. 한편, 타이쿤 인근 숲에서 쉬고 있던 젊은 여행자 바츠는 성 바로 바깥으로 운석이 추락하는 것을 목격합니다. 즉시 현장을 조사하러 간 바츠는 습격을 받아 의식을 잃고 쓰러진 레나를 발견합니다. 레나를 구출한 후, 두 사람은 운석 잔해 속에서 기억의 일부를 잃은 노인 가라프를 찾아냅니다. 레나는 아버지를 찾아 바람의 신전으로 가던 중이었다고 말하고, 가라프 또한 그곳이 자신의 원래 목적지였음을 갑자기 떠올리며 그녀와 동행하기로 합니다. 세 사람은 잠시 헤어지지만, 바츠는 이내 지진이 일어나는 계곡에서 다시 몬스터의 습격을 받고 있던 레나와 가라프를 마주칩니다. 결국 운석 추락으로 인한 지각 변동으로 모든 육로가 막힌 것을 확인한 세 사람은 함께 길을 떠나게 됩니다. 동굴을 탐험하던 중 그들은 해적의 소굴과 그들의 우두머리 파리스를 만납니다. 해적 선장의 도움을 받아 바람의 신전에 도착한 일행은 부서진 크리스탈을 발견하지만, 사라진 왕의 흔적은 찾을 수 없었습니다. 그때 크리스탈 조각들이 일행의 기운에 반응하며 타이쿤 왕의 형상이 나타나고, 그는 일행에게 아직 남아있는 크리스탈들을 반드시 지켜야 한다고 당부합니다.