스토리 파이널 판타지 II는 피리온, 마리아, 가이가 팔라메키아의 검은 기사 병사들에게 공격받고 죽을 위기에 처하는 것으로 시작됩니다. 피리온, 마리아, 가이는 핀 왕국이 황제에게 침략당한 후 알테어 마을에 반군 기지를 세운 힐다 공주에게 구조됩니다. 힐다는 그들이 너무 어리고 경험이 부족하다는 이유로 반군에 합류하려는 요청을 거절합니다. 세 사람은 레온을 찾아 핀으로 향하고, 그곳에서 죽어가는 카시온의 스콧 왕자를 발견합니다. 스콧 왕자는 힐다의 약혼자로, 카시온의 전 귀족이었던 보르겐이 반역하여 제국군의 장군이 되었다고 알려줍니다. 일행은 힐다에게 알리기 위해 알테어로 돌아갑니다. 힐다는 그들이 반군에 합류하는 것을 허락하고, 강력한 무기를 만드는 데 사용될 수 있는 금속인 미스릴을 찾기 위해 북쪽으로 여행할 것을 요청합니다. 일행은 북쪽으로 향해 점령된 살라만드 마을로 가서, 근처 광산에서 강제 노동을 하던 마을 사람들을 구출하고, 보르겐을 처치하고, 미스릴을 되찾습니다. 다음 임무로 일행은 드레드노트라고 알려진 대형 비행선의 건설을 막기 위해 바스크 도시로 파견됩니다. 하지만 그들이 도착하자마자 비행선은 이륙합니다. 드레드노트를 폭파시킬 수 있는 무기인 선파이어를 되찾은 후, 힐다를 태운 비행선이 드레드노트에 의해 포획되는 것을 속수무책으로 지켜봅니다. 드레드노트가 보급을 위해 착륙하자, 일행은 힐다를 구출하고 선파이어를 비행선 엔진에 던져 넣습니다. 폭발에서 탈출하기 전에 일행은 마리아가 레온이라고 생각하는 검은 기사를 만납니다.