스토리 이야기는 실제 역사적 사건을 바탕으로 한 가상의 역사 속에서, 평화와 자유 의지를 지키려는 암살단과 통제를 통해 평화를 이루려는 템플 기사단의 오랜 대립을 따라갑니다. 현대 파트는 21세기를 배경으로 하며, 플레이어는 현대 템플 기사단의 위장 기업인 앱스테르고 인더스트리의 직원으로 등장해 암살단과 템플 기사단의 갈등, 그리고 선구 문명으로 알려진 존재들의 비밀을 파헤치도록 이용당합니다. 본편은 1715년부터 1722년까지 해적의 황금기 서인도 제도를 배경으로 합니다. 악명 높은 웨일스 출신 해적 에드워드 켄웨이는 부와 전설적인 장소 '관측소'를 찾아 나서며, 이 장소는 암살단과 템플 기사단 모두가 노리는 핵심 목표입니다. 또한 카리브해에 독립적인 해적 공화국을 세우려는 시도가 중요한 이야기 축을 이룹니다.