스토리 사이바리어 3는 사이바리어 2의 사건으로부터 수년이 흐른 뒤의 이야기를 다룹니다. ETA가 몰락한 후, 사이바리어의 한 분파는 지구가 포기하기에는 너무나 소중한 곳임을 선언했습니다. 그들은 지구를 탈환해 다시 개척할 것을 맹세했고, GUIS는 잿더미 속에서 부활하여 본연의 임무를 재개했습니다. 수십 년이 지나 지구 식민지는 번영을 누립니다. 그러던 중... 신호가 포착됩니다. 외계로부터 온, 정체불명의 신호였습니다. 글루온 입자가 감지되는 순간, 공포는 들불처럼 번져 나갔습니다. 익숙한 전율과 함께 하늘이 어두워지고, 지구는 다시 한번 침공의 위기에 처합니다. 이제 새로운 세대의 사이바리어들이 일어나... 인류를 구원할 때가 왔습니다.