스토리 워프트 유니버스(Warped Universe) 파괴된 영역의 잔해 속에서 새로운 우주가 다시 태어났습니다. 이 우주는 '보이드(Void)'조차 삼킬 수 없는 유일한 물질로 만들어져 멸망에서 살아남은 수수께끼의 AI, '오라클(Oracle)'이 관리하고 있습니다. 오라클은 인류를 향해 태평양의 개조된 석유 시추선 아래 숨겨진 차원의 문, '셀라돈 게이트(Celadon Gate)'를 넘어 '워프트 유니버스'로 들어오라고 요청합니다. 이곳은 빛과 중력의 힘이 불안정하고 유동적인 상태로 존재하는 차원입니다. 플레이어는 붕괴하는 우주의 끝자락에 위치한 중심지인 '넥서스 스테이션(Nexus Station)'에 도착하게 됩니다. 이후 조각난 태양계를 가로지르는 임무를 수행하며, 모든 것을 지워버리고 우주를 고요하고 텅 빈 상태로 되돌리려는 끈질긴 비존재의 힘, '보이드'를 몰아내야 합니다. 플레이어는 빛을 다루는 '루미너리(Luminaries)'나 중력을 통제하는 '파운데이션얼리스트(Foundationalists)' 중 한 진영에 합류하여 잃어버린 것들을 재건하기 위해 싸우게 됩니다. 하지만 이 우주의 균형은 매우 위태롭습니다. 어느 한쪽으로 균형이 지나치게 기울어지면 우주는 예측할 수 없고 환각적인 방식으로 뒤틀리고 맙니다. 매 시즌 새로운 태양계와 행성, 그리고 적들이 등장합니다. 보이드는 결코 기다려주지 않습니다.